一、导语
在涉税实务中，一旦发票被上游税务机关认定为“虚开”，下游受票企业往往面临被追缴进项税额的处理结果。即便交易真实、主观善意，也常陷入“发票已被认定虚开，无法抵扣”的困境。
本案的突破意义在于：法院通过穿透式审查和跨区域协同，推动上下游税务机关共同查明事实，最终确认真实交易存在，保障了企业的进项税额抵扣权益。该案为“善意取得虚开发票是否可以抵扣”提供了重要实践样本。
二、案情回放
某石油公司收到开票企业开具的十三张增值税专用发票，税额合计一百四十余万元，并已完成认证抵扣。后外省稽查机关认定上述发票属于虚开，并向下游税务机关发出协查函。
下游税务机关据此作出处理决定，认为暂无证据证明石油公司恶意收票，但仍追缴增值税一百四十余万元及附加税费十余万元，不加收滞纳金。
石油公司申请行政复议未果，遂提起行政诉讼，主张其与开票企业之间存在真实交易，应当允许抵扣进项税额。
案件审理过程中，法院通知作出虚开认定的上游稽查机关作为第三人参加诉讼，并组织上下游税务机关共同出庭说明情况。经充分论证，最终确认涉案发票对应交易真实，相关税额应当允许抵扣。各方达成协调方案，企业撤诉，税款随后退还。
三、争议焦点
本案的核心争议集中在三个方面：
第一，上游机关认定发票虚开，下游机关是否可以当然据此否定抵扣权？
第二，在交易真实、受票方无恶意的情况下，是否仍应承担进项税额转出后果？
第三，企业在分段式税务管辖格局下，如何打破“循环救济困局”？
四、法院观点
法院在本案中的处理思路具有明显的创新性。
其一，突破形式审查思路。传统做法通常认为，上游机关对发票虚开的认定具有既定效力，下游机关据此处理并无不当，法院一般仅审查程序是否合法。本案则转向实质审查，聚焦交易是否真实。
其二，引入上游机关参与诉讼。法院通知作出虚开认定的稽查机关作为第三人参诉，促使上下游机关围绕关键事实进行直接对话，避免信息壁垒造成的执法割裂。
其三，以真实交易为核心判断标准。经查明，涉案发票对应业务真实存在，企业并无恶意，最终确认进项税额应予抵扣。
该处理方式实现了对事实的整体还原，也避免了企业在不同机关之间反复奔波却难以获得实质救济的局面。
五、律师解析
第一，虚开认定并非当然排除抵扣。发票被认定虚开，并不必然意味着受票企业丧失抵扣资格。关键在于是否存在真实交易以及受票方是否善意。
第二，真实交易具有决定性意义。在证据能够证明合同、付款、货物流转等客观事实的情况下，应优先从交易实质出发，而非仅凭形式认定作出处理。
第三，司法审查可以穿透行政分段执法格局。当上下游机关认定存在差异或证据链条未闭合时，法院有权组织全面审查，避免程序空转。
从制度层面看，该案推动了涉发票争议从“形式判断”向“实质判断”转变。
六、维权建议
结合本案经验，企业在面对类似风险时，应注意以下几点：
一是强化交易证据留存。合同、付款凭证、运输单据、仓储记录、对账资料等，应形成完整闭环，能够证明交易真实存在。
二是关注处理决定的依据来源。若税务处理仅引用上游虚开认定，应进一步核查认定事实是否涉及自身交易真实性。
三是善用诉讼程序中的证据对话机制。在存在上下游机关认定分歧时，可申请追加相关机关参与诉讼，推动关键事实查明。
四是理性看待“撤诉和解”路径。在实质问题得到解决、抵扣权利得到确认的前提下，通过协调方式解决争议，有时更有利于效率与结果。
结语
善意取得虚开的增值税专用发票，并非当然丧失进项税额抵扣权。关键在于交易是否真实、证据是否充分，以及救济路径是否选择得当。
本案的意义，不仅在于个案退税结果，更在于为类似争议提供了一种更具实质性的解决思路。在分段执法格局下，通过穿透审查和协同机制实现事实还原，或将成为涉税行政争议审理的重要趋势。
某石油公司不服，向上海市税务局申请行政复议。上海市税务局经审查后作出行政复议决定（以下简称被诉复议决定），维持了被诉处理决定。
某石油公司收到被诉复议决定后，以其与开票企业之间具有真实交易为由起诉至上铁法院，请求判决撤销被诉处理决定及被诉复议决定，责令税务机关退还税款。
审理中，经上铁法院主持，某石油公司与税务机关就行政争议达成和解，自愿申请撤回起诉。
（二）查明关键事实，跨域协同化解
庭审中，第五稽查局、外省某稽查局均有行政机关负责人出庭应诉，有效回应某石油公司异议。上铁法院充分听取上下游税务机关的陈述意见，探明某石油公司的实质诉求为抵扣被认定为虚开的13张增值税专用发票。为实质解纷，上铁法院引导上下游税务机关围绕关键事实展开论证，搭建对话平台，深度互动交流，最终促成上下游税务机关对关键事实作出明确表态，还原事实真相，共同确认13张案涉发票存在真实交易，应作进项税抵扣。上铁法院组织各方当庭确定协调化解方案，有效推动涉税争议实质化解。
（三）发送协调化解函，保障诉求实现
庭审后，为尽快落实协调化解方案，上铁法院及时向第五稽查局发送了《协调化解矛盾建议函》并抄送相关税务机关，进一步明确协调化解方式、步骤及所对应的时间节点等细节，并采用定期询问进度，向当事人反馈情况等方式推动化解方案落地，保障当事人实质诉求实现，最终圆满化解本案涉税争议，某石油公司现已收到退税。某石油公司委托代理人当庭激动地表示，他代理过很多类似的税务行政案件，某石油公司均以败诉告终，税务审判庭的这一审理模式让他第一次看到了希望，非常感谢上铁法院。某石油公司向上铁法院赠送锦旗表示感谢，收到退税后又再次致电，表示没想到能这么短时间内顺利完成退税流程，感谢上铁法院在其撤诉后仍不断推进退税进程，维护企业权益。
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