核心观点：
当事人实施的违法建设行为，得到行政机关的审批、许可。行政机关发现审批行为与规划不符后，为了公共利益的需要，不再继续为当事人补办相关手续，事实上撤回了先前的审批行为，由此给当事人造成的前期投入损失，根据《行政许可法》第八条规定的信赖利益保护原则，应当承担相应的行政补偿责任。
申请人申请再审称：1.《潇水流域规划报告》未对外公布，不应约束电站。电站具有信赖利益，是合法的水工程。2.被申请人没有对包括申请人在内的33家小水电进行实物调查，认定电站的原投资为4500万元缺乏事实根据，按原投资额扣除5%年折旧率予以补偿，没有法律依据。请求撤销一、二审判决，依法进行再审。
被申请人答辩称：1.自2007年起，永州市成立专门工作组进行调查，召集申请人参与清产核资会议，4500万元原始投资，系申请人在调查中自行申报确认。5%的年折旧率是根据《小水电建设项目经济评价规程》确定的项目合理经济寿命为20年计算得出，于法有据。109号批复确定补偿标准及数额是体恤民生工程的酌情补偿。2.《潇水流域规划报告》已经湖南省政府批准，并上报国家部委备案。当时有效的《中华人民共和国水法》并未规定流域规划对外公布才生效，该报告是合法有效的规划文件，电站违反该规划，属违法水工程。请求驳回申请人的再审申请。
本院经审查认为，本案中《潇水流域规划报告》是经湖南省政府批准，并报水利部备案的江河的流域综合规划。在该报告的规划流域范围内兴建水工程的，必须遵守其规划要求。电站低于涔天河水库扩建工程315米最低水位的规划要求，批准、建设时违反《潇水流域规划报告》，属于违法水工程。申请人主张《潇水流域规划报告》未对外公布，电站合法。但是，当时有效的法律规范并未规定江河的流域综合规划必须对外公布才发生法律效力，且申请人未取得相关建设手续即开工建设，在县政府相关部门已经明确告知其建设行为与涔天河水库扩建工程的规划相抵触、不能取得相关报建手续的情况下，申请人仍然出具淹没后不请求补偿的书面承诺，继续进行电站建设，申请人建设电站的主观过错和客观行为违法性都是明显的。
《中华人民共和国行政许可法》第八条规定，公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。本案中，电站建设虽系违法，但是，申请人实施违法建设行为，确实得到县政府及其相关职能部门的审批、许可。县政府及其相关职能部门发现审批行为与涔天河水库扩建工程的规划不符后，为了公共利益的需要，不再继续为申请人补办相关手续，事实上撤回了先前的审批行为，由此给申请人造成的前期投入损失，根据《中华人民共和国行政许可法》第八条规定的信赖利益保护原则，应当承担相应的行政补偿责任。109号批复及淹没补偿通知确定按照申请人的原建设投资总费用扣除5%的年折旧率计算补偿数额，补偿申请人2925万元，已经充分保护申请人的合法权益。申请人主张未进行实物调查，认定电站的原建设投资总费用为4500万元缺乏事实根据，按原投资总额扣除5%年折旧率予以补偿，没有法律依据。但是，申请人签到、多次参加清产核资会议，并在《小水电站变化情况调查表》上签字确认原建设投资总费用为4500万元，否定该项事实，没有充分证据。109号批复及淹没补偿通知按照原投资总额扣除每年5%的折旧酌定补偿数额，已经充分保护申请人的合法权益，补偿标准不存在明显不公平的情形。
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